Las leyes desamortizadoras de la primera mitad del siglo XIX significaron el fin de la institución. No obstante, se celebraron cultos litúrgicos hasta 1940.
En este año pasa a ser utilizado por los labradores del pueblo como silo de grano de cereal.
En 1990 su titularidad pasa a ser del Ayuntamiento, comenzando éste su rehabilitación con el proyecto de convertirse en el actual Museo de Arte Sacro.
El nuevo Museo de Arte Sacro de Ampudia es, sin lugar a dudas, por el valor de sus piezas artísticas, uno de los más importantes de la provincia de Palencia. En su interior podemos descubrir un gran número de piezas escultóricas, pictóricas y orfebres. Hablamos de un museo de gran riqueza patrimonial en el que se pueden encontrar obras que van desde el siglo XII hasta el siglo XVIII.
Tomás de Sierra, Pedro de Ávila y el Maestro de Paredes, son algunos de los genios que dejaron su impronta en la Villa, tanto en escultura como en pintura, sin olvidar las valiosas tallas y pinturas de autores anónimos. El museo guarda también una amplia colección de ropajes litúrgicos y otra de cantorales, así como una nutrida representación de cálices, cruces procesionales, Vírgenes, báculos, cuadros, muebles, lienzos, crucifijos, candelabros, cetros y muestras de todo aquello que tuvo o tiene que ver con el universo religioso de la Iglesia Católica y su incidencia en Ampudia.